São 25 as estações do MetroBus que vão servir a cidade de Coimbra quando o serviço de transporte público estiver completo.
A distância média entre estações na área urbana será de 490 metros.
Apesar de a linha do Hospital ser na totalidade dentro da cidade, a parte urbana da linha que une a estação de comboios Coimbra B a Serpins será a que terá mais paragens.
Com passagens pelas zonas da Baixa, Arregaça, Bairro Norton de Matos, Solum e Vale das Flores, a linha entre a Portela e Coimbra B tem projetadas 16 paragens para o MetroBus.
Apesar de um número elevado de paragens, não se espera muitas mudanças no atual sistema de mobilidade da cidade, visto que esta linha aproveita, em grande parte, a antiga linha de comboios que ligava Coimbra à Lousã. As exceções são na Solum e na zona da Portagem.
Na zona que une as paragens de São José (junto ao viaduto do Calhabé) à da Solum (na rua General Humberto Delgado em frente à Escola Superior de Educação de Coimbra), e à paragem da avenida Fernando Namora, esperam-se mudanças estruturais na circulação de automóveis.
Já a ligação entre a avenida Aeminium até à avenida da Lousã terá também mudanças na circulação e contará com as paragens da Portagem e do Parque.

Linha do Hospital com nove paragens
Já a linha do Hospital vai ter nove estações, mas será a que causará mais mudanças no sistema de mobilidade da cidade.
Segundo os planos projetados pela Metro Mondego, a linha sairá da avenida Aeminium, onde terá a paragem interface, e subirá a cidade pela avenida central, rua Olímpio Nicolau Rui Fernandes e a avenida Sá da Bandeira passando na Praça da República. A linha está projetada para que continue em direção aos hospitais pela rua Lourenço de Almeida Azevedo e rua Doutor Augusto Rocha até chegar à Cruz de Celas.
Da Cruz de Celas até aos hospitais seguirá pelas alamedas Calouste Gulbenkian e Armando Gonçalves.
No total, contabilizando a parte urbana e a parte suburbana, o MetroBus contará com 41 estações.