Mais de meio século depois, a Universidade de Coimbra (UC) completou uma permuta de espaços do Colégio de Jesus, feita entre o Estado e a Diocese de Coimbra, em 1963. A devolução das últimas frações à Diocese foi oficializada pelo Reitor da UC, João Gabriel Silva, em visita ao Bispo de Coimbra, Virgílio Antunes.

Em causa está um acordo, datado de 20 de maio de 1963, que fixava a cedência ao Estado de várias frações do rés-do-chão e primeiro andar do claustro da ala nascente do Colégio de Jesus (junto à Sé Nova e ao Largo Marquês de Pombal) em troca da entrega à Diocese de outras dependências na cave e primeiro andar da ala poente desse edifício (adjacente à Sé Nova, do lado do Museu Nacional Machado de Castro).